По сообщениям Генпрокуратуры, в 2011 году бывшие должностные лица министерства продали часть памятника "Таврический дворец" - архитектурный комплекс "Дом садовника с двумя флигелями XVII века". Сделка была совершена незаконно, т.к. земельный участок площадью более 5 тыс. кв. м и расположенные на нем три нежилые здания являются федеральной собственностью. Комплекс был закреплен за министерством в 2010 году. К тому же, он представляет особую историческую ценность.  "Дом садовника" был продан за 386 миллионов рублей, что, по оценкам экспертов, на 75 миллионов меньше его реальной стоимости.  Материалы прокурорской проверки направлены в следственные органы.